Perustamisensa jälkeen Kuusamon Lapin seurakunta kuului Turun hiippakuntaan ja Kemin rovastikuntaan. Vuonna 1849 seurakunta siirrettiin Oulun rovastikuntaan ja vuonna 1851 perustettuun Kuopion hiippakuntaan muiden Lapin seurakuntien kanssa. Kuopion hiippakunnan piispanistuin siirrettiin vuonna 1900 Ouluun ja vuonna 1923 sen nimi muutettiin Oulun hiippakunnaksi.
Kuusamon seurakunnassa suoritettiin tarkastuksia suhteellisen harvoin. Ensimmäinen piispantarkastus toteutui vuonna 1858, aiemmat tarkastukset olivat usein rovastintarkastuksia. Ajoittain Kuusamon seurakunta saatettiin tarkastaa muiden seurakuntien piispantarkastusten yhteydessä, esimerkiksi Oulussa tai Pudasjärvellä.
Hallintoa hoidettiin kirkkoherran johtamissa pitäjänkokouksissa sekä luottamusmiesten eli kirkkoneuvoston toimesta. 1600-luvun lopulla valittiin kuudennusmiehet, joiden tehtävänä oli seurakunnan rakennushankkeiden ja niihin liittyvien työvelvollisuuksien sekä kylien hengellisen ja siveellisen elämän valvominen. Heidän lisäkseen kirkkoneuvostoon kuului pitäjänkokouksen valitsema kirkonisäntä eli kirkkoväärti. Hän huolehti ehtoollisaineista, osallistui omaisuuden tarkastuksiin ja kantoi myös kirkon arkun avainta. Kirkon arkussa säilytettiin rahoja ja asiapapereita. Kirkkoneuvoston jäsenyys oli taipuvainen periytymään suvussa isältä pojalle, kuten lukkarin tehtäväkin.
Pappien apuna toimivat kirkonpalvelijat, aluksi lukkarit. Heidän tehtävänään oli avustaminen jumalanpalveluksissa esilaulajana sekä lasten opettaminen lukutaidossa ja kristinopissa. Kuusamon ensimmäisinä lukkareina toimivat Krister Luukkonen ja hänen jälkeensä Petter Bohm, Pentti Kela, Yrjö Karjalainen, Juho Karjalainen, Johan Brännholm, Sakari Hänninen, Sihveri Hänninen ja Herman Määttä. Ensimmäisinä kirkkovahteina eli suntioina työskentelivät Antti Ahonen vuodesta 1764 alkaen ja hänen jälkeensä Sihveri Kela, Erkki Lämsä ja Iikka Leskelä.
Seurakunnalla on ollut hautausmaita jo Torangintaipaleen saarnatuvan lähistöllä. Uusi kirkkomaa varattiin myös Samostenperään valmistuneen kirkon yhteyteen. Aikaisemmin Kitkalla on ollut kaksi hautausmaata, Sarvisaaren ja Sänkisaaren hautausmaat. Ne ovat olleet osin väliaikaisia hautaamispaikkoja, joista ruumiit on useimmiten kuljetettu varsinaisiin hautausmaihin.
Nykyisin seurakunnalla on viisi hautausmaata: Vanha hautausmaa ja sankarihautausmaa kirkon vieressä, Nilon hautausmaa ja Ristikankaan hautausmaa. Lisäksi Käylässä on Käylän vanha hautausmaa rajaseutukirkon takana sekä Saukkoniemen hautausmaa. Kuusamolaisia haudataan edelleen myös Vasaraperään Sänkisaaren hautausmaahan, joka on paikallisen jakokunnan ylläpitämä. Saareen mennään kesäisin veneellä.
