Muiden kyläläisten siirtyessä evakkoon syksyllä 1944, jäivät kirkkoherra Poukkula, kanttori Marttinen ja kelloseppä Tammi muutaman muun paikkakuntalaisen kanssa pelastamaan kirkon arvokkaimpia esineitä. Alttaritaulu, seinälampetit sekä kattokruunu saatiin turvaan, mutta kellot olivat liian painavat (yhteensä tuhat kiloa), jotta niitä olisi saatu tapulista alas. Kelloja yritettiin laskea Osuuskaupasta löydetyillä köysillä, mutta turhaan. Pudottamisen taas pelättiin särkevän ne.
Kuusamon kirkonkellot katosivat salaperäisellä tavalla sodan loppuvaiheessa 1944. Edes siitä ei oltu varmoja, olivatko kellojen katoamisen takana suomalaiset, saksalaiset, venäläiset vai muut. Kuusamon kirkonkylä oli ensin saksalaisten ja sitten venäläisten hallussa ja kuusamolaisten palattua kotipitäjäänsä oli kylän kirkko poltettu. Eräs olettamus oli, että saksalaiset olisivat upottaneet kellot Kuusamojärveen tai ottaneet mukaansa perääntyessään ja upottaneet myöhemmin mereen.
Vuonna 1945 kellojen kohtaloa tiedusteltiin Neuvostoliitosta, mutta sieltä saadun vastauksen mukaan Kuusamossa majailleilla sotilailla ei ollut tietoja kelloista. Kirkkoherra Eerola kertoi nähneensä vuonna 1949 unen, jossa saksalaisia upseereita ilmestyi hänen luokseen sanoen: ”Ei pidä olla huolissaan, sillä kellot löytyvät. Ne ovat pappilan kaivossa.” Tämän perusteella eräät yksityiset henkilöt tutkivat vanhan pappilan kaivon, mutta ilman tuloksia.
- Lainaus Schreiberin muistelmasta (suomennos Sampo Ahto [KST 427 – 430] ):
”Me tiesimme, että Kuusamon kirkon tapulissa oli hyvin vanhat ja arvokkaat kellot vuodelta 1611, jotka eivät saaneet joutua venäläisten käsiin. Divisioonamme pioneerit saivat tehtäväkseen irroittaa kellot paikaltaan ja viedä ne turvaan… Niinpä molemmat kellot kaivettiin kirkon vieressä olleeseen hautausmaahan ja naamioitiin haudaksi.”Franz Schreiberin muistelmien mukaan kirkko jäi pystyyn SS-vuoristojääkärirykmentin jälkijoukkojen poistuttua Kuusamosta:
Joukkomme tietoon ei tullut se, että vastustaja tuli perässämme Kuusamoon ja jäi sinne joiksikin viikoiksi. Emme tienneet myöskään, että venäläiset eivät hävittäneet ainoastaan hautausmaata vaan myös kirkon ja sen vieressä seisoneen tapulin. Suomalainen siviiliväestö, joka sai palata takaisin vasta toukokuussa 1945, löysi kirkonkylästä vain rauniot.” Lähde Lapin sota sivut
Kun uusi kirkko valmistui vuonna 1951, Uumajan seurakunta lahjoitti Kuusamolle kellon ja toisen seurakunta osti itse Ruotsista saamillaan lahjavaroilla. Uusien kellojen toivottiin olevan yhtä kaunisääniset kuin vanhat, mutta niiden sointi osoittautui paljon heikommaksi. Vanhojen kellojen äänen sanottiin kantautuneen aina Nissinvaaraalle saakka. Uudet kellot eivät kantaneet hyvälläkään ilmalla edes Nilonkankaalle.
Kuusamossa ei oltu tietoisia, että sodan aikana Vienassa toimineiden suomalaisten joukkojen komentaja, eversti V. Paloheimo, oli vuonna 1944 pyytänyt saksalaisen polttoryhmän päälliköltä, että kirkonkellot otettaisiin alas ja piilotettaisiin. Tämän pyynnön toteutti saksalainen Vuoristojääkärirykmentti 12, jota komensi eversti Franz Scheiber. Kun saksalaiset joutuivat vetäytymään Suomesta ja liittymään länsirintaman taisteluun, kaatui heistä moni vieden kellojen tarkan sijainnin mukanaan hautaan.