Seurakunta 1800-luvulla
Suomen siirtyminen vuonna 1809 Venäjän alaisuuteen merkitsi suurta muutosta Kuusamolle siinä mielessä, että idässä ei enää ollut vihollista. Väkiluku kehittyi tasaisen hitaasti sen oltua 1208 henkeä vuonna 1750, 3059 henkeä vuonna 1800 ja vuonna 1850 noin 4650 henkeä. Vuosisadan alussa tehtyyn kirkkoon oli tehtävä laajoja korjauksia. Kirkon ulkopuoliset seinät saatiin laudoitetuksi vuonna 1821. Erityisen työlääksi osoittautui usein toistunut vesikaton korjaaminen, mikä oli tehtävä isona urakkana vuosina 1828 ja 1859. Yksi syy katon vuotamiseen oli hyvin painava keskuskupoli.
Vuonna 1865 säädettiin laki, jolla Suomeen perustettiin kunnallinen itsehallinto. Tällöin seurakuntien hallintoa ja erityisesti kirkkoherroja kuormittanut pitäjänhallinto lakkautettiin ja seurakunnat pääsivät keskittymään pelkästään omaan tehtäväänsä. Laki oli toimeenpantava kolmen vuoden aikana, ja Kuusamon kunnallishallinnon perustava kokous pidettiin kirkkoherra Johan Gabriel Wilanderin johdolla kirkon sakastissa 5.4.1868.
1860-luvun jälkipuoliskolla Kuusamoon rantautui Pohjois-Ruotsissa rovasti Lars Levi Laestadiuksen aikana syntynyt laajeneva herätysliike, jonka ensimmäisiä seuratilaisuuksia on mahdollisesti järjestetty Purnuvaarassa. Vuosisadan vaihteeseen mennessä liikkeen piiriin on arvioitu kuuluneen noin puolet Kuusamon väestöstä, joka tuohon aikaan oli noin 9800 henkeä.
Seurakunta 1900-luvulla
Posion erottamista Kuusamon kappeliseurakunnaksi oli esitetty ensimmäisen kerran jo 1787 maaherra Carpelanin toimesta. Vuoden 1890 piispantarkastuksessa posiolainen Antti Takkinen teki esityksen piispalle, joka kehotti posiolaisia valmistelemaan anomuksen asiasta. Tämä johti siihen, että senaatti hyväksyi uuden kunnan ja seurakunnan perustamisen vuonna 1908 ehdolla, että posiolaiset vastaavat itse kirkon rakentamisesta. Tuohon aikaan Posion väkiluku oli 2323. Käytännössä Posion itsenäistyminen siirtyi vuoteen 1926.
1900-luvulla Kuusamoon rakennettiin kolme kirkkoa. Ensimmäinen niistä oli lyhytikäiseksi jäänyt Paanajärven rajaseutukirkko, joka valmistui vuonna 1937 ja tuhoutui talvisodassa syksyllä 1939. Paanajärven rajaseutupiiri oli perustettu vuonna 1931, jolloin se sai myös papin. Rajaseutupastori Toivo Laitinen oli työssä vuoteen 1935 saakka ja sen jälkeen tehtävää hoiti hänen veljensä Olavi Laitinen. Kun Paanajärven alue menetettiin sodassa, rajaseututyö jatkui Käylässä, jonne muodostui 1950-luvulla uusi rajaseutukeskus. Käylään rakennettiin rajaseutukirkko, joka vihittiin käyttöön 14.12.1958. Rajaseututyö seurakunnissa päättyi 2002 lopussa, ja toiminta tuli kyseisten seurakuntien vastuulle.
Kolmas kirkkorakennushanke oli nykyisen pääkirkon rakentaminen sodassa tuhoutuneen puisen ristikirkon tilalle. Kirkko valmistui vuonna 1951. Piispa Olavi Rimpiläinen antoi kirkolle nimen Pyhän Ristin kirkko vuonna 1986, kun vietettiin laajan saneerauksen jälkeistä juhlaa.