Kirkkoketo säästyi talvisodassa 1939–40 varsinaisilta maasotatoimilta, vaikka omat suojajoukot joutuivat polttamalla tuhoamaan mm. monet sivukylät. Sitä vastoin se kärsi huomattavat pommitusvauriot. Talvisodan 105 päivän aikana oli Kirkkokedolla 128 ilmahälytystä. Pommituksia oli 17 kertaa. Pommeja laskettiin pudotetun n. 1200 kpl, joista valtaosa kuitenkin palo- ja sirpalepommeja. Tuhoisin päivä oli 26.1.1940, jolloin pommituksia oli neljä kertaa ja koneita oli yhteensä 19 kpl. Vielä välirauhan solmimispäivänä 13.3.1940 klo 9.15. suoritti 8 lentokonetta pommituksen, jonka jäljeltä laskettiin 79 pommikuoppaa.
Vienan Karjalasta vetäytyneet saksalaiset sotajoukot tuhosivat -pääasiassa polttamalla- Kuusamon asutukset syksyllä 1944. Kirkkokedon osalta tuho oli täydellinen – sata prosenttinen.
Venäläiset sotajoukot, jotka saksalaisten vetäytymisen jälkeen miehittivät Kuusamon alueen, rakensivat Kirkkokedon alueelle joukoilleen “korsukaupungin”.
Evakuoinnin yhteydessä saatiin kirkosta pelastetuksi mm. alttaritaulu ja kynttiläkruunu. Kirkonkellot, jotka oli kätketty ennen kirkon polttamista, löydettiin 14 vuotta myöhemmin saksalaisten sotilaiden hautausmaa-alueelta (saksalainen eversti oli antanut pioneeriupseerin kirjeen kellojen sijainnista käynnillä Kuusamossa). Kuusamoon aikoinaan haudatut saksalaiset sotilaat on sodan jälkeen siirretty Rovaniemelle.
Kirkon vierellä on suomalaisten sankarihauta-alue, johon on siunattu 441 kuusamolaista kaatunutta. Venäläisten sotilashautausmaa on Nilonkankaalla, mihin on haudattu 747 sotilasta.
Jälleenrakentaminen
Jälleenrakentaminen päästiin aloittamaan vuoden 1945 alussa ja saatiin loppuun suoritetuksi 1950-luvun alussa.